Bioinformatic Approaches for Integration of Genomic Information, Dissertations in Health Sciences 120

Tietomassojen yhdistäminen mahdollistaa uusia biolääketieteen löydöksiä\n\nVäitös molekulaarisen lääketieteen alalta\n\nVäittelijä: FM Jussi Paananen\n\nVäitösaika ja -paikka: 6.7.2012 klo 12, Medistudian auditorio ML2, Kuopion kampus\n\nBiolääketieteen tutkimusteknologiat tuottavat valtavasti tutkimustietoa, jonka tehokkaaseen hyödyntämiseen tarvitaan uusia tietoteknisiä ratkaisuja. Tietomassojen yhdistäminen uusilla tavoilla mahdollistaa löydökset, jotka muuten jäisivät havaitsematta, osoittaa filosofian maisteri Jussi Paanasen väitöstutkimus. Osana väitöstutkimustaan Paananen kehitti uusia menetelmiä ja ohjelmistoja geenitutkimuksen avuksi.\nTietovuorista selvyyttä sairauksien toimintamekanismeihin\n\nNykyaikaisessa biolääketieteen tutkimuksessa käytettävät teknologiat tuottavat valtavia määriä tutkimustietoa. Ihmiseltä voidaan mitata yksittäisellä kokeella kymmenientuhansien geenien aktiivisuutta, miljoonia DNA-muutoksia tai tuhansien kehosta löytyvien aineenvaihduntatuotteiden määrää. Tätä tietoa voidaan hyödyntää yksilöllistetyssä terveydenhoidossa tutkittaessa perinnöllisiä sairauksia, aineenvaihduntahäiriöitä, syöpäkasvaimia ja yleisten sairauksien riskiä. Tieteellisessä tutkimuksessa tietoa voidaan käyttää uusien tautigeenien tunnistamiseen, sairauksien synty- ja toimintamekanismien selvittämiseen sekä uusien diagnostisten työkalujen kehittämiseen.\n\nKäsiteltävän tiedon määrä moninkertaistuu entisestään, kun tutkitaan yhden sijaan kymmeniätuhansia ihmisiä.\n\nTiedon valtava määrä ja alati kehittyvät teknologiat tekevät tiedon hyödyntämisestä haastavaa ja synnyttävät tarpeen uusille tietoteknisille ratkaisuille. Paanasen väitöstutkimuksessa hyödynnettiin tietojenkäsittelytieteen ja informaatioteknologian mahdollisuuksia uusien menetelmien ja ohjelmistojen kehittämisessä. Menetelmät ja ohjelmistot mahdollistavat entistä tehokkaamman biolääketieteellisen tutkimustiedon yhdistämisen, analysoinnin sekä tulkitsemisen.\n\nKehitetyt menetelmät auttavat tutkijoita yhdistämään tietoa uusilla tavoilla. Tämä mahdollistaa löydökset, jotka jäävät havaitsematta tarkasteltaessa tutkimuskohdetta kapea-alaisesti. Tietojen yhdistäminen on myös kustannustehokasta ja eettistä, sillä sen ansiosta olemassa olevia tietoja voidaan hyödyntää uudelleen eikä aikaisemmin tehtyjä kokeita tarvitse toistaa. Paanasen kehittämiä ohjelmistoja on käytetty osana kansainvälisiä tutkimuksia, joissa on selvitetty sydän- ja verisuonisairauksien, syövän, diabeteksen, lihavuuden sekä Parkinsonin ja Alzheimerin tautien toimintaa.\nBioinformatiikka on tulevaisuuden ala\n\nPaanasen tutkimusala bioinformatiikka on nouseva ala, joka yhdistää lääketiedettä, biotieteitä, tietojenkäsittelyä, informaatioteknologiaa ja tilastotiedettä. Lääke- ja biotieteiden tutkimuksessa hyödynnetään aina vain enemmän suuria tutkimusaineistoja, minkä vuoksi tutkijoilta vaaditaan monitieteellistä osaamista, joka kattaa niin lääketieteen perusteet kuin ohjelmistokehityksen. Sekä Suomessa että kansainvälisesti osaajista on huutava pula. Paanasen kehittämät helppokäyttöiset ohjelmistot tuovat siihen omalta osaltaan helpotusta madaltamalla tutkijoiden kynnystä bioinformatiikan hyödyntämiseen.\n\nFilosofian maisteri Jussi Paanasen molekulaarisen lääketieteen alaan kuuluva väitöskirja Bioinformatic Approaches for Integration of Genomic Information (Bioinformatiikan menetelmiä genomisen tiedon integrointiin) tarkastetaan Itä-Suomen yliopiston terveystieteiden tiedekunnassa. Vastaväittäjänä toimii dosentti Christophe Roos Tampereen teknillisestä yliopistosta ja kustoksena professori Garry Wong Itä-Suomen yliopistosta.\n\nJussi Paananen on suorittanut filosofian maisterin tutkinnon tietojenkäsittelytieteen alalta Kuopion yliopistossa vuonna 2005. Hän on ollut vierailevana tutkijana ja tutkimusyhteistyökumppanina Harvardin yliopistossa ja Massachusettsin teknillisessä korkeakoulussa (MIT) vuosina 2006–2011. Paananen työskentelee bioinformaatikkona Itä-Suomen yliopiston Kliinisen lääketieteen sekä Kansanterveystieteen ja kliinisen ravitsemustieteen yksiköissä.\n\nVäittelijän painolaatuinen kuva on osoitteessa http://www.uef.fi/vaitoskuvat\n\nLisätietoja: Jussi Paananen, p. 0503088178, jussi.paananen(at)uef.fi\n21.6.2012\n\n © Itä-Suomen yliopisto\n Palaute\n\n

ISBN-10:
978-952-61-0836-0
Kieli:
eng
Sivumäärä:
43 s.
Tekijät:
Paananen Jussi (diss)
Tuotekoodi 020856
25,50 €