Detection of pneumococcus by PCR, Acta Universitatis Ouluensis D Medica 767

Pneumokokin osoittaminen PCR:n avulla. Pneumokokki-bakteeri aiheuttaa lieviä infektioita kuten välikorvatulehduksia, mutta myös vakavia infektioita kuten keuhkokuumeita ja aivokalvontulehduksia. Pneumokokki on perinteisesti osoitettu potilasnäytteestä bakteeriviljelyllä, joka on usein epäherkkä ja vaatii onnistuakseen elinkykyisiä bakteereita. Uusia herkkiä ja spesifisiä menetelmiä pneumokokin osoittamiseksi tarvitaan pneumokokkitautien diagnostiikan parantamiseksi erityisesti uusien pneumokokkirokotteiden tehotutkimuksissa sekä tutkittaessa pneumokokin nielukantajuutta. Pneumokokin osoittamiseksi on kehitetty useita nukleiinihapon monistamiseen perustuvia polymeraasiketjureaktio- eli PCR-menetelmiä. Tässä väitöskirjatyössä muokattiin aluksi jo julkaistua PCR-menetelmää ja käytettiin sitä tutkittaessa yli 2500 välikorvamärkänäytettä akuuttia välikorvatulehdusta sairastavilta lapsilta. Menetelmä osoittautui herkäksi pneumokokki-DNA:n osoittamisessa. Käytettäessä PCR menetelmää viljelymenetelmän lisäksi, pneumokokkilöydökset lisääntyivät 76%:lla. Jotta pneumokokki-DNA voitaisiin osoittaa nopeasti ja lisäksi määrittää näytteen sisältämän genomikopioiden lukumäärä, tässä työssä kehitettiin myös reaaliaikainen pneumokokki-PCR menetelmä. Reaaliaikaisessa PCR:ssa tuotteiden monistaminen ja osoittaminen tapahtuvat yhtäaikaisesti ja sen avulla voidaan määrittää tutkittavan näytteen sisältämä tietyn geenifragmentin kopiomäärä. Työssä kehitettyä menetelmää käytettiin pneumokokin osoittamiseksi välikorvamärkänäytteistä sekä pneumokokin nielukantajuustutkimuksissa. Menetelmän herkkyyttä verrattiin myös perinteiseen viljelymenetelmään. Reaaliaikainen PCR osoittautui herkäksi ja nopeaksi menetelmäksi ja sen havaittiin tuovan lisätietoa bakteerien lukumääristä ja niiden eroista näytteissä. Menetelmä näyttää olevan hyvä apu etenkin nielukantajuus- ja rokotetutkimuksissa, joissa tarvitaan herkkiä menetelmiä pneumokokin osoittamiseksi.

ISBN-10:
951-42-7210-2
Kieli:
ENGL
Tekijät:
Saukkoriipi Annika
Tuotekoodi 013325
13,00 €